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CHIP-seq服务

简要描述:

CHIP-seq,指的是结合位点分析法,作用为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。

更新时间:2020-05-14

CHIP-seq,指的是结合位点分析法,作用为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin ImmunoprecipitationChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。

 

将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA的片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA的片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

 

ChIP-Seq与传统的ChIP-chip技术相比具有灵敏度高、灵活性强、分辨率高、不具备其他芯片相关负效应等明显优势。

该技术流程主要分为两部分:实验数据获取及生物信息分析。

CHIP-seq服务

实验数据获取流程:

1.        将蛋白交联到DNA上。以保证蛋白和DNA能够结合,找到互作位点。

2.        通过超声波剪切DNA链。

3.        加上附上抗体的磁珠用于免疫沉淀靶蛋白。

4.        接触蛋白交联;纯化DNA

5.        定量检测,检测合格后进行测序文库构建、 DNA 成簇(Cluster generation)扩增、高通量测序。

生物信息分析流程见下图:

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