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重组蛋白表达的常见问题是真核蛋白在细菌中表达时倾向于不溶。变性、聚集和/或截短形式的蛋白形成不可溶的包涵体，需要进一步纯化和重折叠，这可能是低效的和不*的。
与天然蛋白质表达的三个关键参数：
1.IPTG浓度
有可能宿主中的蛋白表达将通过lac操纵子系统操作。这个系统的详细解释可以在别处找到，加入异丙基β-D-1-硫代吡喃半乳糖苷（IPTG），一种乳糖类似物，控制蛋白的表达。蛋白的表达应处于生长的对数期，即当溶液的波长600（OD 600）处的光密度达到0.4-0.6。如果目标是可溶性蛋白质，不要改变细胞中蛋白的折叠功能。已经假定不溶性蛋白可能是由于分子伴侣的存在。因此，使用高浓度的IPTG（＞1mM）可能不总是产生好的结果。尝试几个不同的浓度，看看哪一个给高的可溶性蛋白的产量。
2.温度
偶尔可以在37℃的典型温度下，通过生长和诱导分离可溶性形式的蛋白质，但通常情况下，溶解度在较低温度下增强。可尝试在30℃，25℃和18℃下进行诱导。
注意：如果首先在37℃生长，先让培养物冷却到诱导温度，再加入IPTG。
3.诱导时间
更长并不总是更好。对于对宿主有毒的蛋白尤其如此。在诱导期间，每隔几个小时取样，并检查目的蛋白的表达。典型的诱导时间根据温度而变化，对于37℃，尝试4小时;对于30℃，进行5-6小时，并且任何低于25℃的温度应该允许生长过夜。
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