纳米抗体制备具有很多传统抗体不能对比的优势。制备简单，容易利用原核及真核表达系统获得，利于实现工业化；其次，可溶性高，容易穿透组织被吸收，在肿瘤的治疗中能够大大提高其作为药物的利用率；再者，它结构稳定，条件耐性高，能够抵抗酸性环境，研究表明在通过小鼠消化道后，它仍能保持原有的生物活性。
纳米抗体制备的生化特性：
(1)免疫原性弱。免疫原性与分子量及化学结构等有关，分子量越小免疫原性越小。由于纳米抗体的分子量只有常规抗体的1/10，只有一个结构域，因此刺激机体形成特异性抗体或是引起体液和细胞免疫应答机率大大降低。同时，纳米抗体无Fc段，避免了Fc引起的补体反应，对人体免疫原性很低，与人的生物相容性较好。但也有研究表明纳米抗体作为药物长期反复使用会增加免疫原性，影响治疗。无论如何，相比于传统抗体，纳米抗体在免疫原性方面表现的更弱。
(2)可溶性高、耐受性强。纳米抗体的FR2中四个位点的突变，使自身的溶解性增加，成药性更好。纳米抗体内部的二硫键使其抗热性和耐酸碱能力变强。常规单克隆抗体稳定性差，容易出现聚集现象，并发生不可逆的热聚合。而纳米抗体在高温环境中长期放置仍然具有生物活性，并且在强变性剂条件下也表现出较高的耐受性。
(3)组织渗透性强。仅有15kD的纳米抗体能够穿透血脑屏障，为大脑中疾病的研究及治疗提供新的方法。纳米抗体能够很容易从肾小球滤过，导致其很快从血清中被清除，半衰期变短。高渗透性的纳米抗体可进入致密的组织，而多余未结合的纳米抗体很快被清除，这有利于疾病的诊断。此外，纳米抗体也适合作为胞内抗体靶向胞内乃至核内蛋白。一种特殊的胞内抗体Chromobody，结构为纳米抗体与荧光蛋白融合，可以用于监测胞内生化过程。
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