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原位杂交ISH 整体实验方案

发布时间:2020-04-27   点击次数:188次

艾柏森(北京)生物科技有限公司

原理简介:

 原位杂交技术(in situhybridization)是以标记的核酸分子为探针,在组织细胞原位检测特异核酸分子的技术。使含有特异序列、经过标记的核酸单链即探针,在适宜条件下与组织细胞中的互补核酸单链即靶核酸发生杂交,再以放射自显影或免疫细胞化学方法对标记探针进行探测,从而在细胞原位显示特异的DNA或RNA分子。

可以检测cRNA、miRNA、LnRNA、DNA。可以各种种属的标本,包括哺乳动物、爬行动物、菌、植物标本。也可以检测组织芯片。

注:为了提高检测的成功率,请在取材前跟公司业务员联系,确认取材、固定、包埋要注意的事项。

样品保存:
RNA 保存:

RNase 酶的存在使 RNA 保存变得困难。此酶广泛存在于玻璃器皿上、试剂中以及操作人员身上及衣服上。RNase 可迅速破坏细胞中的 RNA 及 RNA 探针本身,因此用户的实验过程、手套和溶液需要保证无菌,防止探针或组织 RNA 受到 RNase 的污染。

冷冻切片的一般样品保存:
为了使保存的载片获得好的结果,请勿将载片在室温环境下干燥保存。正确方法是,将其置于 100% 乙醇中-20 °C 保存,或将其用莎伦包装膜覆盖的塑料盒在 -20 °C 或 -80 °C条件下保存。这种保存方法可使载片保存数年。


 

探针选择:

RNA 探针:

RNA 探针长约 250–1500bp;长度为800bp左右的探针具有较好的灵敏度和特异性。转录模板应支持探针(反义链)和阴性对照(正义链)RNA 的转录。将转录模板克隆至包含对生启动子的载体可实现这一目的。制备探针之前,必须对环状模板进行线性化,但也可使用 PCR 模板。

DNA 探针:

DNA 探针为原位杂交提供较高的灵敏度。与RNA探针相比,DNA探针与靶mRNA 分子的杂交强度较弱,因此在杂交后的洗涤中不应使用甲醛。

探针特异性至关重要。如果已知细胞中mRNA或DNA的确切核苷酸序列,则可据此设计高度精确的互补探针。如果超过 5% 的碱基对不互补,那么探针只能与靶序列发生轻度杂交。这意味着,探针更容易在洗涤和检测步骤中被洗去,可能无法正确检测。

 

服务项目明细

价 格

服务项目明细

价 格

FISH

RNA水平

700元/张

CISH

RNA水平

700元/张

DNA水平

700元/张

DNA水平

700元/张

miRNA水平

700元/张

miRNA水平

700元/张

  

In Situ Hybridization (ISH); 原位杂交ISH

 

 

实验方案举例:
(DIG)标记RNA探针原位杂交实验方案

此方案介绍了如何使用DIG标记的RNA单链探针来检测石蜡包埋切片中目标基因的表达情况。

1) 脱蜡

如为冷冻切片请从第 2 步开始操作。

如为甲醛固定的石蜡包埋切片,请继续此步骤。

首先,对载片进行脱蜡和复水操作。如果石蜡去除不完全,则会导致切片的染色效果较差。

将载片置于支架上,然后执行以下洗涤操作:

二甲苯:2x3 分钟

1:1 的二甲苯和100%乙醇:3 分钟

100%乙醇:2x3 分钟

95%乙醇:3 分钟

70%乙醇:3 分钟

50%乙醇:3 分钟

使用冰冷的自来水清洗

抗原修复步骤之前将载片置于自来水中。从这一步开始,不能使载片干燥,因为干燥会导致非特异性抗体结合和高背景染色。

2) 抗原修复

将含20 µg/mL蛋白酶K的50mM Tris预热并在37 °C条件下孵育酶解10–20分钟。孵育时间和蛋白酶 K 的浓度可能需要根据实际情况优化。

我们建议通过蛋白酶 K 滴定实验来确定合适条件。酶解不充分会导致杂交信号降低,过度酶解会影响组织形态,给杂交信号的定位带来极大困难。蛋白酶 K 的zui佳浓度会随组织类型、固定时间和组织大小而发生变化。

3) 使用蒸馏水清洗载片5次。
4) 将载片浸入预冷的20% (v/v) 乙酸中20秒。这样可使细胞通透化,使探针或抗体能够透过。
5) 分别使用70%乙醇、95%乙醇和100%乙醇洗涤载片(每次约1分钟)使其脱水,然后风干。
6) 向每个载片中加入 100 µL 杂交液。

试剂

终浓度

每 1 mL 溶液的使用量

甲酰胺

50%

500 µL

5x

250 µL

丹哈德溶液

5x

50 µL

硫酸葡聚糖

10%

100 µL

肝素

20 U/µL

10 µL

十二烷基硫酸钠

0.1%

1 µL

盐溶液 (20x)

4 M NaCl

100 mM EDTA

200 mM Tris-HCl pH 7.5

100 mM NaH2PO4.2H2O

100 mM NaH2PO4.2H2O

丹哈德溶液 (100x)

10 g聚蔗糖

10 g PVP(聚乙烯吡咯烷酮)

10 g 牛血清白蛋白 (BSA)

500 ml无菌 dH2O

7) 将载片置于所需杂交温度下的增湿杂交盒中孵育1 小时。杂交温度的范围通常为 55–62 °C。
8) 在PCR 管中用杂交液稀释探针。利用PCR仪在95 °C条件下加热RNA 或DNA 2分钟,使其变性。然后立即将探针置于冰上冷却,以防止重退火。
9) 除去杂交液。向每个切片加入50–100μl探针稀释液,覆盖整个样品。在 65 °C 条件下在增湿的杂交盒中孵育过夜。用盖玻片盖住样品,以防样品蒸发。

在此步骤中,RNA 探针会与相应的mRNA杂交,或DNA探针会与相应的细胞DNA杂交。杂交温度的优化取决于所用的探针序列以及细胞或组织类型。所分析的每种组织类型都需进行杂交温度的优化。

探针的zui佳杂交温度取决于靶序列中碱基的百分比含量。序列中胞嘧啶和鸟嘌呤的比例是关键因素。

10) 严格洗涤

通过调节温度、盐浓度和洗涤剂浓度等溶液参数可消除非特异性相互作用。

配制 1 L 20x 柠檬酸钠缓冲液 (SSC)

175.3 g 氯化钠 (3 M)

88.2 g 柠檬酸钠

800 mL 无菌水

使用柠檬酸将 pH 调节为5,定容至1 L 并使用高压灭菌器进行灭菌处理
洗涤 1

50% 甲酰胺的 2x SSC

3x5 分钟,37-45 ℃

在较高温度(高达 65° C)下短时间洗涤,洗去多余的探针和杂交缓冲液。如果洗涤时间过长,则会洗掉大量的杂交探针 RNA/DNA。

洗涤 2

  0.1–2x SSC

  3x5 分钟,25-75 ℃

此步骤会消除非特异性和/或重复性 DNA/RNA 杂交。

按照以下说明对严谨洗涤的温度和盐浓度进行优化:

· 对于极短的DNA/RNA 探针 (0.5–3 kb) 或极为复杂的探针,洗涤温度应更低(上限45 °C)且严格度更弱 (1–2xSSC)。

· 对于单基因座或较大的探针,温度应在65 °C 左右且严格度应较强(低于0.5x SSC)。

· 对于重复性探针,温度应达到上限且严格度应达到最大(例如 α-卫星重复序列)。

11) 在室温下使用 MABT(含 Tween20 的马来酸缓冲液)洗涤两次,每次30分钟。MABT 的性质比PBS 更温和,更适用于核酸检测。

配制 5x MABT 母液

   58 g 马来酸

   43.5 g NaCl

   55 g Tween-20

   900 mL 水

添加三羟甲基氨基甲烷,将 pH 调节至 7.5。大约需要 100 g 三羟甲基氨基甲烷。定容至 1 L。

12) 烘干载片。
13) 将其转移至增湿盒中,向每个切片加入 200 µL 封闭缓冲液(MABT + 2% BSA,牛奶或血清)。在室温下封闭 1–2 小时。
14) 去除封闭缓冲液。将抗标记抗体以所需稀释度加入封闭缓冲液。查看抗体说明书中推荐的浓度/稀释度。在室温下孵育 1–2 小时。
15) 在室温下使用 MABT 洗涤载片 5 次,每次 10 分钟。
16) 在室温下使用预染色缓冲液(100 mM Tris pH9.5,100 mM NaCl,10 mM MgCl2)洗涤载片 2 次,每次 10 分钟。
17) 如需进行荧光检测,请跳至第 18 步。对于其他形式的检测,请将载片放回增湿盒中,然后依照厂家说明书(如有说明书的话)使其显色。

18) 使用蒸馏水清洗载片。
19) 将载片风干 30 分钟。然后使用 100% 乙醇进行洗涤,并将其彻底风干。
20) 使用 DePeX 封片溶液进行封片。

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