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蛋白的酵母双杂交实验是以酵母的遗传分析为基础，研究蛋白间相互作用的一种有效技术手段。转录活化蛋白可以和DNA上特异的序列结合而启动相应基因的转录反应。这种DNA结合与转录激活的功能是由其上两个相互独立的结构域，即DNA结合结构域(Binding Domain, BD)和转录活化结构域(Activation Domain,AD)共同完成的。
以Gal4系统为例，BD和AD分别由Gal4蛋白上不同的两个结构域(1-147aa与768-881aa)构成。在利用GAL4系统筛选cDNA文库或研究蛋白间的相互作用时，DNA结合结构域与靶蛋白即"诱饵"相结合，转录活化结构域与文库蛋白或要验证的蛋白相结合。一般情况下，单独的BD可以与GAL4上游活化序列（GALUAS）结合但不能引起转录，单独的AD则不能与GAL UAS结合；只有当BD与AD分别表达的融合蛋白由于相互作用而导致两者在空间上相互靠近时，BD与AD才能与GAL UAS结合并且引起报道基因的转录，从而激活下游报告基因，通过这一系列实验来验证两个蛋白之间的相互作用。
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